Bij virale infecties kunnen naast de primaire infectie ook extra virale stammen worden overgedragen, wat kan leiden tot verdere co-infecties. Deze co-infecties kunnen voortkomen uit verschillende virale soorten, wat resulteert in een algeheel complexe situatie. Vooral bij chronische infecties kunnen sluimerende virussen in het lichaam worden gereactiveerd, een fenomeen dat bekend staat als 'opportunistische infecties'. Deze opportunistische infecties kunnen het immuunsysteem verder onderdrukken en de behandeling compliceren.

In gevallen van parasitaire infecties kunnen extra parasitaire soorten worden geïntroduceerd naast de primaire infectie, wat tot verdere complicaties leidt. Deze secundaire infecties kunnen afkomstig zijn van verschillende parasitaire soorten, wat een complex klinisch beeld creëert. Bij chronische infecties kunnen slapende parasieten weer geactiveerd worden, een fenomeen dat bekend staat als 'Opportunistische infecties.' Deze opportunistische infecties kunnen het immuunsysteem van de gastheer verder verzwakken en de behandeling bemoeilijken.