Le infezioni da Borrelia non possono essere escluse del tutto sulla base dei test sierologici negativi:

• “Nel caso di ELISA, risultati positivi o valori limite sono stati osservati in 24 pazienti soltanto (53.3%).”(Wojciechowska-Koszko et al., Feb. 2011)
• “32 pazienti con specifici anticorpi anti-borreliosi hanno ricevuto la diagnosi tramite il western blot, a dispetto di un ELISA negativo…è necessario utilizzare il western blot con i pazienti che presentano difficoltà persistenti… ciò è probabilmente dovuto ad una scarsa produzione di anticorpi specifici, la quale a sua volta è anche causata dallo stato di immunodeficienza individuato in tutti i nostri pazienti.“ (Durovska et al., 2010)
• “Il numero di risultati ELISA positivi a IgM- e/o IgG-…variava tra il 34 ed il 59%... il paragone fra test immunoblot ha evidenziato differenze considerevoli nella concordanza inter-test.. Sorprendentemente, alcuni immunoblot hanno fornito un risultato positivo su campioni precedentemente testati e diagnosticati come negativi da tutti e otto gli ELISA.” (Ang CW et al., Gen. 2011)

I laboratori dovrebbero testare il "VIsE" (sequenza simil-proteica principale variabile espressa) nei sistemi di analisi ELISA e SeraSpot. Il VIsE descrive l'abilità del "camaleonte" Borrelia burgdorferi di alterare con costanza la propria struttura VIsE proteica superficiale in vivo al fine di non essere identificato dal sistema immunitario. Il VIsE presenta la sensibilità più elevata nell'ambito della ricerca di antibiotici contro Borrelia burgdorferi.

Il sistema di analisi SeraSpot MicroArray analizza i seguenti anticorpi IgG- e IgM di Borrelia burgdorferi e le sottospecie di Borrelia burgdorferi:
VlsE (B.b. afzelii), p39 (B.b. afzelii), p58 (B.b. garinii), p100 (B.b. afzelii), OspC (B.b. afzelii + B.b. garinii + B.b. sensu stricto), DbpA (B.b. afzelii + B.b. garinii + B.b. sensu stricto).